1、应考虑和周围环境的关系；一、二级生物安全实验室无需特殊选址，可共用普通建筑物，宜在建筑物一段或一侧。可与其它部分相通，但应以可控制进入的密封门分开，有防止昆虫和啮齿类动物入内的设置（微生物与化学分离）；应参照《生物安全通用要求》执行。
2、应考虑所开展检测项目的技术要求。开展致病菌检测，应配备生物安全柜 3、不同区域有效隔离(致病菌检测)，防止交叉污染，一般分为下列区域：接样室、样品保存室、培养基配制室、无菌室、培养室、仪器室、鉴定室、洗刷消毒室(各区域应配备紫外消毒等空气消毒装置)，此外，还应有数据处理和资料保存室，办公室。尽量减少往返和迂回；洗刷消毒室应远离实验操作区。
4、设计时应考虑水、电、通风条件。 
5、实验操作区域光线应达到一定照度，540lx。但不应在阳光直射下操作。贮存样品和试剂的区域也应避免阳光照射。